Selon le Canard Enchaîné d'aujourd'hui, Microsoft France serait soupçonné de fraude fiscale. D'après l'hebdomadaire satirique, Microsoft aurait facturé par le biais de sociétés étrangères à au moins un client français des services commerciaux accomplis en France par des employés et des cadres de filiales dépendant de Microsoft France, afin d'échapper à l'impôt sur les sociétés.

Microsoft France a été l'objet d'un contrôle fiscal le 28 juin 2012. Le Canard Enchaîné cite  l'ordonnance du juge des libertés du tribunal de Nanterre qui avait autorisé une perquisition dans les locaux de Microsoft France ce 28 juin : "Il peut être présumé que Microsoft Online Inc. développe, depuis 2008, une activité commerciale à destination de clients français, pour le marché français, en utilisant des moyens humains et matériels de la SAS Microsoft France, situé en France", mais "sans souscrire les déclarations fiscales correspondantes"

En ce qui concerne l'article du Canard Enchaîné, Microsoft France n'a pas fait de commentaire. En ce qui concerne la perquisition du 28 juin, pour Microsoft cette affaire  n'en est pas une : "C'est un contrôle de l'administration fiscale qui a lieu au siège. C'est banal, il n'y a rien d'extraordinaire", avait alors expliqué Marc Mossé, directeur des affaires juridiques de Microsoft France.